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人事勞動教育處

財務與資產處

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水旱監測與預警研究室

水文水環境監測研究室

水資源監控研究室

工程安全監測監管研究室

工程自動化研究室

水利信息化研究室

設計咨詢研究室

研究中心（防災減災技術與裝備研究中心）

中試推廣中心

標準計量研究中心

江蘇南水科技有限公司

南京水木清華設計有限公司

水利部水文儀器及巖土工程儀器質量監督檢測中心

國際水文標準組織TC113中國專家組辦公室

全國能源資源計量技術委員會水資源計量分委員會

水利部水文水資源監控工程技術研究中心

江蘇水利信息化專委會